Hoi Marcel,

Bij 't doornemen van de beschrijving die je me hebt gegeven loop ik tegen een
paar onduidelijkheden aan:

* wat moet er worden aangepast?
   in de 'adaptations' verwijs je naar SiMRiSc.cpp, tumor.cpp, cost.cpp en de
    input file die door jou en Yihui zijn aangepast, maar 't huidige simrisc
    programma gebruikt deze files niet meer. Maar wellicht 'rostet alte Liebe
    nicht?' Het wordt daardoor erg lastig om te achterhalen wat er nou
    eigenlijk is veranderd. Om dat voor mij duidelijk te maken kun je me
    misschien de oorspronkelijke files en de secties die zijn gewijzigd, met
    verwijzing naar de regels in de oorspronkelijke files toesturen? Met een
    beetje geluk kan ik dat dan relateren aan simrisc. Op zich is 't lastig
    dat deze oude source files nog steeds worden gebruikt, omdat de relatie
    tussen die files en simrisc niet 1:1 is....

* in de Supplementary is een sectie Cost. Hoe moeten de daarin genoemde kosten
    in de aanpassing worden verwerkt?

* het is me niet duidelijk hoe/waar de 'All-cause mortality' wordt gebruikt in
    de aanpassing van simrisc

* in de 'Lung cancer incidence' sectie is de p(a) functie gegeven, Is de
    daarin genoemde parameter f (lifetime risk) de bij de leeftijd horende
    'All-cause mortality'? Zo niet, wat is 't wel? Wat zijn de te gebruiken
    'mean age' en spread?

* in de 'Lung cancer survival' sectie worden Q(t) en Z(t) genoemd. Is 't' de
    leeftijd in jaren van het gesimuleerde subject? In tabel S4 wordt T1-4
    genoemd, samen met N en M parameters. De N en M parameters vind ik terug
    in tabel S3, maar in S3 worden T1a,b, T1c, T2a,b genoemd naast T3 en
    T4. Zijn die a,b en c subscripten irrelevant? Bepalen de tumorgroottes
    (tabel S3) de desbetreffende rij, en daarmee de N en M waarden? Hoe wordt
    dan een waarde uit S4 geselecteerd? De waarden in S4 zijn waarden met
    kennelijk een zekere variatie. Als dat zo is, hoe wordt die variatie dan
    gebruikt? Een random keuze uit een verdeling met bv gemiddelde en
    std. dev? Welke verdeling?

* zodra F en p(a) zijn berekend, wat moet daar dan mee gebeuren?

* de (wat ik veronderstel) input file is erg `outdated': een oude SiMRiSc
    file?  Veel parameters daar zijn ook in simrisc's configuratiefile
    vermeld, maar niet alle. Dat zijn ws de longkanker parameters, zoals de
    TNM probabilites. Maar in hoeverre deze en de overige parameters een rol
    spelen bij de longkankersimulaties is me niet duidelijk.

Wellicht kun je e.e.a. voor mij verhelderen? Als dat niet goed via de mail
gaat, dan stel ik voor dat we een afspraak maken om e.e.a. concreet langs te
lopen.
